Đường thủy là lĩnh vực hoạt động cốt lõi, gắn liền với quá trình hình thành và phát triển của DS3. Hiện nay, Công ty đang quản lý, bảo trì 425,6 km tuyến đường thủy nội địa quốc gia từ Ngã ba sông Bạch Đằng (thị xã Quảng Yên) đến cảng Thọ Xuân (thành phố Móng Cái); các tuyến đường thủy nối từ bờ ra đảo thuộc tỉnh Quảng Ninh và tuyến đường thủy nối Hạ Long với Cát Bà (thành phố Hải Phòng).
Với đội ngũ kỹ sư, thuyền viên, công nhân lành nghề cùng hệ thống phương tiện thủy, thiết bị chuyên dùng được đầu tư đồng bộ, DS3 cung cấp trọn gói các dịch vụ đường thủy trên ba nhóm công tác chính.

DS3 là đơn vị thường xuyên được lựa chọn thực hiện công tác quản lý, bảo trì các tuyến luồng đường thủy nội địa quốc gia khu vực phía Bắc và khu vực Quảng Ninh, với các chủ đầu tư là Cục Đường thủy nội địa Việt Nam, Chi cục Đường thủy nội địa phía Bắc và Chi cục Hàng hải và Đường thủy phía Bắc.
Song song với các tuyến quốc gia, Công ty thực hiện quản lý, bảo dưỡng thường xuyên các tuyến luồng đường thủy nội địa địa phương tỉnh Quảng Ninh theo hợp đồng với Ban Quản lý dự án vốn sự nghiệp giao thông; đồng thời quản lý, bảo trì thường xuyên hệ thống phao báo hiệu tại các vùng nước nguy hiểm trên Vịnh Hạ Long và Vịnh Bái Tử Long, luồng vào Công viên Hòn Xếp và hệ thống báo hiệu kết nối các điểm tham quan với luồng đường thủy nội địa cho Ban Quản lý Vịnh Hạ Long.
Nội dung công việc bao gồm: tuần tra, kiểm tra luồng tuyến; theo dõi diễn biến sa bồi; duy trì chuẩn tắc luồng; quản lý vận hành hệ thống báo hiệu; xử lý sự cố và cảnh báo chướng ngại vật, bảo đảm giao thông thủy thông suốt 24/7 trong mọi điều kiện thời tiết.

DS3 làm chủ toàn bộ chuỗi công việc từ sản xuất, lắp đặt đến duy tu, sửa chữa hệ thống phao neo, phao báo hiệu, biển báo hiệu đường thủy.
Đối với Cục Đường thủy nội địa Việt Nam, Công ty đã thực hiện các gói thầu sản xuất, lắp đặt và sửa chữa báo hiệu trên nhiều khu vực, trong đó có tuyến sông Chanh và tuyến Hạ Long – Yên Hưng. Với Ban Quản lý Vịnh Hạ Long, DS3 đầu tư hệ thống báo hiệu kết nối các điểm tham quan trên vịnh, sản xuất, lắp đặt phao nhót, biển báo khu neo đậu tại Thiên Cung – Đầu Gỗ và đầu tư 02 bến nổi cập tàu tại khu vực Ba Hang, Vung Viêng.
Trong lĩnh vực khu neo đậu tránh trú bão, Công ty đã và đang thi công, bảo dưỡng cụm phao neo và hệ thống tín hiệu, biển báo tại các khu neo đậu cho tàu thuyền nghề cá ở đặc khu Cô Tô, xã Tiên Lãng (huyện Tiên Yên), phường Cẩm Thủy (thành phố Cẩm Phả) và khu vực Vụng Sú Thoi Dây (xã Đầm Hà).
Đặc biệt, sau cơn bão số 3 (bão YAGI), DS3 được Cục Hàng hải và Đường thủy Việt Nam tin tưởng giao nhiệm vụ khắc phục hệ thống báo hiệu bị mất, hư hỏng trên các tuyến đường thủy nội địa quốc gia khu vực 1 — hoàn thành trong thời gian ngắn, kịp thời khôi phục an toàn hàng hải.

Đây là lĩnh vực DS3 có kinh nghiệm dày dạn nhất, phục vụ thi công hàng loạt công trình cầu vượt sông trọng điểm khu vực phía Bắc.
Công ty đã thực hiện điều tiết bảo đảm an toàn giao thông đường thủy phục vụ thi công các công trình: cầu Tiên Yên 1, cầu Đài Xuyên 2, cầu Vân Tiên (cao tốc Vân Đồn – Tiên Yên), cầu Ka Long 2 (cao tốc Vân Đồn – Móng Cái), cầu Cẩm Hải, cầu Triều, cầu sông Uông, cầu sông Chanh, cầu bắc qua luồng sông Mang (xã Quan Lạn, huyện Vân Đồn), cầu vượt Hải Thành trên sông Lạch Tray, cầu vượt sông Thái Bình (thành phố Hải Dương), cầu Vân Phúc qua sông Hồng và cầu Thượng Cát (thành phố Hà Nội).
Các chủ đầu tư và nhà thầu chính đã hợp tác cùng DS3 gồm: Cục Đường thủy nội địa Việt Nam, các Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng công trình giao thông tỉnh Quảng Ninh và các địa phương, Tổng Công ty Xây dựng Trường Sơn, Công ty CP Cầu 12 – CIENCO 1, Công ty CP Xây dựng Cầu 75, Công ty CP Xây dựng và Lắp máy Trung Nam, Công ty TNHH Hòa Hiệp, Công ty TNHH Thương mại và Xây dựng Trung Chính, VNCN E&C…

Bên cạnh ba nhóm công tác trên, DS3 còn cung cấp dịch vụ tư vấn giám sát công trình đường thủy, nạo vét luồng, cung cấp – vận chuyển nước sạch và phương tiện phục vụ thu gom rác trên Vịnh Hạ Long.
Mọi công trình do DS3 thực hiện đều tuân thủ nghiêm ngặt quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về báo hiệu đường thủy nội địa, bảo đảm tiến độ – chất lượng – an toàn tuyệt đối, góp phần giữ cho những dòng sông, vùng vịnh khu vực Đông Bắc luôn thông suốt và an toàn.
