Công ty Cổ phần Quản lý Đường sông số 3 tiền thân là Đoạn quản lý đường sông 3 trực thuộc Cục Đường sông Việt Nam (nay là Cục Đường thủy nội địa Việt Nam) – Bộ giao thông vận tải,
Thành lập năm 1964